馬鈺掌教期間，教旨以無為為主，離塵去俗，識心見，以道士的樸素苦行吸引社會人士信向，尚未與統治者結上關係，也未營造宮觀。這是全真道發展的第一階段。
公元一千一百八十七至一千二百一十九年，是全真道發展的第二階段。這是全真道進一步發展而漸漸壯大的時期，劉玄、丘機先後掌教，以山東半島為活中心。此時的全真道，特別注意爭取金朝統治者的承認和重視，並開始營造宮觀，建立宗教活基地。
泰和元年、三年王一兩次被徵召，皇帝的一再徵召，提高了全真道地位，促進了它在民間的流傳。
從公元一千二百一十九年起，全真道的發展進第三階段，到達鼎盛，促這一局面的關鍵人是丘機。丘應吉思汗之召，以七十多歲高齡率徒赴西域雪山，他對吉思汗說：“陛下本天人耳，皇天眷顧，假手我家，除殘去暴，為元元父母，恭行天罰。”元太祖對丘機非常賞識，待若上賓，並令他“掌管天下的出家人”，蠲免全真門下道士的差役賦稅。對於太祖的恩崇，丘機非常激，他作詩言志曰：“實由道化行無外，暗睹年助聖朝”。回到燕京後，丘機住在白雲觀，當時山東發生了農民起義，丘機以招降農民起義的行，報答了吉思汗的知遇之恩。丘機於公元一千二百二十四年東歸，回到燕京，住於太極觀後改名長春宮，該觀從此為全真道首腦機關所在地。丘機提出“立觀度人”，此後全真弟子大建宮觀、廣收門徒的活大為展開，全真道觀逐漸遍佈北方。
公元一千二百二十七年，丘機卒，葬於長春宮順堂，即今天的北京白雲觀。丘機掌教後，全真道有了很大發展。
全真七子的思想特：一曰修心，全真道認為人生是假是空，真是本來面目，人生短暫，速修為要，修心要鎖心猿意馬，去俗行塵，要忍辱苦行，還要孝行、慈悲、濟世、救難。
二曰清淨，王重認為，“只要心中清淨兩個字，其餘都不是修行”，命雙修，而以功為主。
三曰丹，馬鈺的丹功法，強調無為虛靜，一心清淨，養氣全神；丘機的丹法系在《大丹直指》一書中，分九步煉法，有小、中、大三個層次，煉化氣，煉氣化神，煉神合道；郝大通則是卦爻周天丹道，用《周易》原理指導煉丹法度火候；孫不二則有丹功，照顧到生理特點。丹論從義理上吸佛納儒，它摻佛教禪定思想，運用佛教迴說、因果報應理論；以儒家倫理道德為依據施行教化。修持方法上，丹論道教授用儒教的命之說和以正心誠意為主的自我修養，又吸取佛教的靜心、禪定和頓悟。
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