萬曆二十九年，皇長子朱常在歷經十五年的波折後，終於被冊立為皇太子，“國本之爭”在形式上落下了帷幕。然而，這場曠日持久的政治消耗戰，早已徹底磨滅了萬曆皇帝朱翊鈞對朝政的最後一熱與責任。當文集團以集意志迫使皇帝在立儲問題上屈服後，一種深刻的挫敗、厭倦以及無聲的報復心理，驅使這位曾經在張居正嚴格管教下也曾勤勉學習的君主，走向了前所未有的長期怠政。
皇帝的“怠政”，並非一蹴而就，而是在“國本之爭”的後期便已初現端倪，並在爭國本結束後，為一種常態化的統治模式。其表現是多方面的，且對帝國的侵蝕是系統的。
最顯著的特徵，便是皇帝不再臨朝聽政。除了萬曆四十三年因“梃擊案”（有人持木闖東宮擊傷太子侍）而被迫召見群臣一次之外，萬曆皇帝創造了中國歷史上皇帝不朝時間最長的記錄。莊嚴的皇極殿（奉天殿）座常年空置，曾經象徵帝國最高權力執行的常朝、午朝、經筵日講等制度，幾乎全部廢止。皇帝將自己幽閉於深宮之，與外廷的文武百形了理和神上的雙重隔絕。
與不朝相伴隨的，是奏疏的“留中不發”。各地、各部院呈報的題本、奏本，如同石沉大海，送達通政司，轉呈司禮監，最終堆積在皇帝的寢宮——乾清宮（後期更多在啟祥宮）的某個角落，往往再無下文。無論是關乎邊疆安危的軍急報，還是涉及水旱災荒的賑濟請求，抑或是員的任免升黜，大多得不到皇帝的批示（批紅）。帝國的中樞決策機制，陷了半癱瘓狀態。沒有皇帝的硃筆批紅，許多重大政務便無法合法推行，行政效率低至冰點。
員空缺的現象也達到了驚人的程度。由於員的任免、考課需要皇帝最終裁定，而皇帝對此漠不關心，導致中央各部院、地方各省府的員職位大量空缺。都史（監察機構首長）、侍郎（各部副長）、科道言等職位，常年缺員不補。最嚴重時，閣一度只剩葉向高一人，被稱為“獨相”；六部中，戶部、刑部、工部等多名侍郎職位空缺，地方總督、巡、布政使、按察使等封疆大吏亦多有缺失。整個僚系因為缺乏必要的員運作而近乎停擺，政務堆積，吏治加速腐敗。
萬曆皇帝為何如此怠政？其原因複雜而深刻。
其一，是“國本之爭”帶來的巨大心理創傷。皇帝深自己作為天子的權威被文集團以“禮法”為名無地挑戰和束縛，其個人意志無法得到貫徹。這種極度的挫敗，使他對外廷的員產生了深深的不信任和厭惡，索採取“非暴力不合作”的態度，以怠政作為無聲的抗議和報復。
其二，是對張居正時代影的反。張居正的嚴格管教和專權，雖然造就了“萬曆中興”，但也給萬曆皇帝留下了巨大的心理抑。在清算張居正後，他或許有一種掙所有束縛的快，並將勤政也視為一種“束縛”，從而走向了另一個極端——徹底的放縱。
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