萬曆皇帝長達數十年的怠政，如同去了帝國中樞的定海神針，不僅導致政務癱瘓、邊防鬆弛，更在無形中催生並加劇了另一場足以吞噬王朝基的禍患——黨爭。當正常的政治運作渠道因皇權的長期缺位而阻塞，當員的升遷黜陟失去公允明的標準，權力與利益的角逐便不可避免地轉向非正式的、以人際關係和地緣紐帶為基礎的派系鬥爭。在這片由怠政造就的政治廢墟上，朋黨的苗破土而出，並迅速蔓生滋長。
黨爭的源頭，可以追溯到“國本之爭”的激盪。在那場持續十五年的立儲風暴中，員們因立場不同而分野。那些堅持“立長”原則、不畏貶謫、敢於直諫的員，如顧憲、高攀龍、鄒元標等人，逐漸在士林中贏得了聲譽，被視為清流砥柱。而另一些態度曖昧、或被認為依附鄭貴妃勢力、試圖迎合帝意以圖進的員，則被歸為另一陣營。這場爭論，不僅撕裂了君臣關係，也在文集團部劃下了深刻的裂痕，為日後更激烈的黨派對立埋下了伏筆。
萬曆二十二年，發生在吏部文選司郎中顧憲上的一件小事，為了一個標誌的事件。顧憲，南直隸無錫人，為人剛直，在“國本之爭”中力主冊立皇長子，聲卓著。因在推舉閣大學士的人選問題上怒皇帝，被削籍革職，返回故鄉無錫。回到家鄉的顧憲，並未就此沉寂。他與弟弟顧允以及好友高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟等一批同樣因言遭貶或辭歸鄉計程車大夫，懷著“志在世道”的抱負，於萬曆三十二年，在北宋著名學者楊時講學舊址——無錫城東的東林書院，發起修復並聚眾講學。
他們並非僅僅探討心義理，而是“諷議朝政，裁量人”，將講學與評議時政結合。顧憲為書院題寫的那副著名對聯：“風聲雨聲讀書聲聲聲耳，家事國事天下事事事關心”，準地概括了他們的宗旨。東林書院很快便為全國輿論的中心，吸引了大量不滿朝局、懷抱理想計程車人前來聽講、流。他們過書信往來、門生故吏網路，形了一個聲氣相求、遙相呼應的政治群，被時人稱為“東林黨”。
東林黨人以“清流”自居，他們的政治主張，主要集中在以下幾個方面：反對礦監稅使的橫徵暴斂，要求減輕民困；主張整頓吏治，起用正直有為的員；強調儒家道統，抨擊一切他們認為敗壞朝綱、背離禮教的行為和人品。他們的議論，往往切中時弊，在道義上佔據高地，贏得了朝野許多士大夫和底層民眾的同與支援。
然而，東林黨的崛起及其激進的評議風格，也必然地引來了反和對抗。那些在政治上與東林意見相左，或因利益損而敵視東林的員，也逐漸集結起來。他們大多是在京的掌權員，或因地域關係（如籍貫為山東的齊黨、湖廣的楚黨、浙江的浙黨、南直隸宣城地區的宣黨），或因政治立場相近而結同盟，共同對抗東林黨。這些派系，被統稱為“齊楚浙黨”或其他非東林勢力。
黨爭的焦點，最初圍繞的人事任免和政策分歧展開。例如，在“京察”（對京的考核）和“外察”（對地方的考核）中，不同派系互相傾軋，力圖將對方排出朝。東林黨人往往利用其輿論優勢，猛烈抨擊對手“貪墨”、“邪佞”；而非東林員則利用其在朝中的實權，設法阻撓東林系員的升遷，並尋找機會打擊東林書院的講學活。
隨著鬥爭的激化，黨爭逐漸離了政見之爭的範疇，演變為意氣用事、門戶森嚴的朋黨傾軋。爭論的議題不再僅僅是政策的是非，更多地變了“君子”與“小人”、“正”與“邪”的標籤化攻擊。員的才能和政績退居次要，其所屬的黨派陣營了決定其仕途的關鍵。奏疏往來，多是攻訐之詞；朝堂議事，常為黨同伐異。國家的公，淪為了黨派私鬥的工。
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