這場黨爭很快從朝堂蔓延到戰場。孫傳庭到任陝西后，發現軍餉嚴重不足，上疏請求撥銀五十萬兩。奏疏送到戶部，侯恂批了個“酌辦理”，實際只撥了十萬兩。孫傳庭再催，侯恂回覆：“遼東軍餉尚欠三月，陝餉需緩。”
孫傳庭是溫仁的人，侯恂自然要卡一卡。這一卡，就卡出了大問題。軍中無餉，士兵譁變。李自趁機猛攻，孫傳庭大敗，潼關失守。
敗報傳到北京，溫仁第一時間不是反省自己舉薦失誤，而是上疏彈劾侯恂：“戶部剋扣軍餉，致前線潰敗，其心可誅！”
侯恂也不示弱，反劾溫仁：“舉薦非人，貽誤軍機，當斬！”
朝堂上又開始了新一的互相攻訐。崇禎大怒，將二人各打五十大板——溫仁罰俸半年，侯恂降三級呼。但問題並沒有解決：孫傳庭的爛攤子誰來收拾？陝西的流寇誰去剿滅？
這時，一直沉默的兵科給事中陳啟新站了出來：“陛下，臣舉薦洪承疇總督五省軍務。”
洪承疇是福建人，不屬於任何黨派，在朝中素以能戰著稱。這個提議得到了大多數人的贊同——不是因為大家真心認為洪承疇是最佳人選，而是因為他不屬於任何一黨，不會打破現有的權力平衡。
然而，黨爭的幽靈依然纏繞著洪承疇。他上任後提出“四正六隅十面張網”的戰略，需要各省配合。但湖廣巡餘應桂是東林黨人，對洪承疇這個“無黨派”總督奉違；河南巡常道立則是溫仁的人，故意拖延糧草。洪承疇的剿寇計劃掣肘，進展緩慢。
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