他沒有像許多民那樣痛哭流涕，反而有種解。這個腐朽的王朝終於死了，雖然死得慘烈，但也許不是壞事。就像一棵老樹，主幹已經枯朽，只有倒下，新芽才能在腐土中生長。
清軍南下時，黃宗羲組織鄉兵抵抗，失敗後居山中。在四明山的草廬裡，他繼續寫作。沒有府的打擾，沒有俗務的牽絆，他的思想反而更加自由、更加深刻。
順治七年，他完《明儒學案》，梳理了明朝三百年學流變。在這部書中，他給予王明極高評價，但也指出心學後期的流弊：“談玄說妙者多，務實致用者；門戶之爭日烈，真知灼見日稀。”
更難得的是，他第一次系統批判了程朱理學：“朱子之學，以‘理’‘’，以‘天’抑‘人’，使人不敢越雷池半步。明破之，是為一功。然破而後未立，遂使天下失所依歸。”
那麼“立”什麼呢？黃宗羲沒有明說，但他的《明夷待訪錄》給出了方向：限制君權，恢復相權；學校議政，士人監督；工商皆本，改革稅制；實事求是，經世致用。
這些思想，在當時可謂石破天驚。清朝統治者看了會膽寒，明朝民看了會震撼，連他的老師劉宗周若在世，恐怕也要斥為“異端”。
可黃宗羲不在乎。大明已經亡了，還有什麼不能說的？還有什麼不敢想的？
順治十一年，顧炎武來訪。兩位思想家在山中長談三日。
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