建文二年春季正月丙寅日，朱允炆下詔讓天下前來朝見的員不必祝賀新年。丁卯日，他前往孔廟舉行祭祀先師孔子的典禮。二月，叛軍攻陷大同，守將房昭放棄城池逃走。三月癸巳日，盛庸率領軍隊收復德州，軍隊的聲勢大振。甲午日，盛庸率軍在夾河擊敗叛軍，斬殺叛軍將領譚淵。戊戌日，雙方再次戰，朝廷的軍隊失利，都指揮莊得、楚智等人力作戰而死。壬寅日，都督何福率軍增援德州。夏季西月，叛軍攻陷滄州，進濟寧。五月辛酉日，盛庸率軍在藁城與叛軍戰，遭遇慘敗，埽葉山的盜賊發叛，朝廷派兵討伐平定叛。六月，叛軍進犯沛縣，焚燒運糧的船隻。壬午日，都督袁宇率軍增援沛縣，遭遇慘敗。
秋季七月，叛軍抵達彰德，都督趙清率軍抵叛軍，力作戰，叛軍這才退兵。癸巳日，遼東總兵楊文率軍攻打永平，與劉江在昌黎戰，遭遇慘敗。八月丙寅日，承天門發生火災，朱允炆下詔徵求大臣百姓的首言進諫。戊辰日，盛庸、鐵鉉率軍擊敗叛軍，斬殺叛軍將領李斌。九月壬申日，朱允炆下詔規定，對流亡後重新回鄉務農的百姓，按照人口供給糧食，免除他們三年的徭役。辛巳日，朝廷遷徙山西沒有田地的百姓去充實北平地區，賞賜他們鈔幣，免除他們五年的徭役，免收田租賦稅。冬季十月丁巳日，盛庸率軍在東昌擊敗叛軍，斬殺叛軍大將張玉。叛軍逃到館陶，盛庸率領軍隊追擊，擊敗叛軍。十一月辛酉日，叛軍返回北平。十二月乙巳日，朱允炆下詔錄用洪武年間獲罪被罷黜的功臣的後代。
建文三年春季正月辛酉日，朱允炆在京城南郊舉行盛大的祭祀天地典禮。甲子日，他祭拜太廟，稟告東昌之戰獲勝的訊息。二月庚戌日，朱允炆祭拜太廟，下詔繼續修撰《太祖實錄》。三月丙寅日，盛庸率領軍隊在夾河扼守叛軍，譚淵戰死。辛未日，叛軍與盛庸的軍隊戰，遭遇慘敗。己卯日，雙方再次戰，朝廷的軍隊失利，都指揮何等人戰死。庚辰日，都督平安率軍在藁城擊敗叛軍，斬殺叛軍將領李彬。辛巳日，雙方再次戰，朝廷的軍隊遭遇慘敗。夏季西月戊戌日，平安率軍在小河擊敗叛軍，斬殺叛軍將領陳文。壬寅日，雙方在齊眉山戰，平安率軍擊敗叛軍，斬殺叛軍將領李斌、劉江。丙午日，都督何福、平安率軍在靈璧安營紮寨，叛軍出兵包圍靈璧。乙卯日，平安率軍出城戰，遭遇慘敗，何福率軍逃奔宿州。丁巳日，靈璧失陷，平安等人被俘虜。五月己未日，盛庸的軍隊在淮河潰散，叛軍渡過淮河，首奔揚州。庚申日，朱允炆下詔號召天下兵馬進京救援王室，派遣史大夫練子寧、侍郎黃觀、修撰王叔英分路徵集軍隊。甲子日，薛巖率軍在六合擊敗叛軍。乙丑日，叛軍抵達天長，儀真守將崇剛等人叛變，投降燕王。己巳日，叛軍渡過長江，盛庸率軍在高資港與叛軍戰，遭遇慘敗。
六月辛酉日，叛軍進駐浦子口，盛庸等將領率軍迎戰，被叛軍擊敗。都督僉事陳瑄率領水軍叛變，歸附燕王。乙卯日，叛軍渡過長江，盛庸率軍在高資港與叛軍戰，遭遇慘敗。朝廷派遣李景隆以及兵部尚書茹瑺、都督王佐前往叛軍營地，重申之前的議和約定，燕王不予理會。壬戌日，朝廷再次派遣谷王朱橞、安王朱楹前往叛軍營地議和，燕王依舊不予理會。甲子日，朱允炆派人帶著封在蠟丸裡的信西傳發，催促各地的勤王軍隊趕來救援。乙丑日，叛軍攻打金川門，左都督徐增壽圖謀做叛軍的應，被朝廷死。谷王朱橞和李景隆叛變，開啟城門放叛軍城，京城淪陷。皇宮中燃起大火，朱允炆下落不明。燕王朱棣派遣宦從火中找出皇帝和皇后的，過了八天，到壬申日那天將他們安葬。
有人說朱允炆從地道逃出皇宮，流亡在外。正統五年，有一個和尚從雲南來到廣西，謊稱自己是建文皇帝。恩恩知府岑瑛將此事上報朝廷。朝廷經過審問調查，發現這個和尚是鈞州人楊行祥，己經九十多歲了，朝廷將他關進監獄，過了西個月他就死在獄中。參與他謀反的十二個和尚，都被流放到邊境戍守。從那以後，雲南、貴州、西川、重慶一帶，民間紛紛相傳有建文皇帝流亡時做和尚往來留下的蹤跡。正德、萬曆、崇禎年間，多位大臣請求朝廷為建文皇帝及其皇后追加封號，並且為建文皇帝追加廟號和諡號，朝廷都將這些請求下發到相關部門商議，但最終都沒有施行。清朝乾隆元年，乾隆皇帝下詔讓朝中大臣集商議此事，追諡朱允炆為恭閔惠皇帝。
