恭閔惠皇帝名朱允炆，是明太祖朱元璋的孫子，懿文太子朱標的第二個兒子，母親是太子妃呂氏。朱允炆生來聰慧好學，極為孝順。十西歲那年，他侍奉生病的懿文太子，白天黑夜都不曾暫時離開。過了兩年，太子去世，朱允炆在守喪期間因過度哀傷而形消瘦。明太祖著他安道：“你實在是個純孝之人，難道就不惦記我嗎？”洪武二十五年九月，朱允炆被立為皇太孫。洪武二十九年，朝廷重新制定各位藩王拜見皇太子的禮儀制度，規定朝見之後要在殿行家人禮節，因為各位藩王都是輩分尊貴的親屬。當初，明太祖讓太子批閱理奏章文書，太子生仁厚，對很多刑罰案件都予以減輕或免除。後來明太祖把這項任務給皇太孫，朱允炆也秉持寬大的原則理事務。他曾嚮明太祖請求，廣泛考證禮經典籍，參考歷代的刑法律令，修改審定了《洪武律》中量刑過重的七十三條條文，天下百姓沒有不稱頌他的仁德的。
洪武三十一年閏五月，明太祖駕崩。辛卯日那天，朱允炆登基即位，大赦天下，將第二年定為建文元年。當天，明太祖朱元璋被安葬在孝陵。朱允炆下詔要為太祖守喪三年，大臣們請求用一天代替一個月來短守喪的期限。朱允炆說：“我不是要效仿古人守喪期間不理政事、不發表言論的做法。上朝時我會穿著麻制的冕服，退朝後就換上齊衰喪服，拄著喪杖，繫上喪帶，飲食只吃稀粥，而祭祀天地、宗廟的禮儀則按照平常的制度進行。”於是下令相關部門制定禮儀規範並上報。丙申日，朱允炆下詔讓五品以上的文臣以及州縣員各自舉薦自己所瞭解的賢才，要是舉薦的人不稱職，舉薦者也要連帶獲罪。六月，朝廷裁減合併州縣，革除多餘閒散的員。任命兵部侍郎齊泰擔任兵部尚書，翰林院修撰黃子澄擔任太常卿，讓他們一同參與商議理國家政務。
秋季七月，朝廷徵召漢中府教授方孝孺擔任翰林院侍講。朱允炆下詔推行寬鬆的政令，赦免有罪之人，免除百姓拖欠的賦稅。八月，周王朱橚犯國法，被廢黜為平民，遷徙到雲南。朝廷下詔規定，興州、營州、開平各衛所中全家都參軍服役的，免除其中一人的兵役；天下衛所中只有獨子參軍計程車兵，放他們回鄉做平民。九月，雲南總兵西平侯沐春在軍中去世，左副將何福接替他統領沐春的部眾。冬季十一月，工部侍郎張昺出任北平布政使，謝貴、張信掌管北平都指揮使司，負責偵察燕王朱棣的秘之事。朱允炆下詔徵求大臣百姓的首言進諫，同時舉薦居山林、有才有德的人士。十二月癸卯日，何福擊敗並斬殺刀幹孟，麓川地區的叛被平定。這個月，朝廷下令賞賜天下百姓第二年一半的田租，釋放臉上刺字的軍士以及囚徒，讓他們返回故鄉。
建文元年春季正月癸酉日，朱允炆接百朝見，沒有奏樂。庚辰日，他在京城南郊舉行盛大的祭祀天地典禮，尊奉明太祖配祭祀。朝廷開始修撰《太祖實錄》。二月，朱允炆追尊己故的父親懿文太子為孝康皇帝，廟號興宗，追尊母親常氏為孝康皇后。尊奉生母太子妃呂氏為皇太后。冊立皇長子朱文奎為皇太子。賞賜高齡百姓糧食、、棉絮和布帛，對於鰥夫、寡婦、孤兒、無子的老人以及患殘疾的人，由府負責供養。朝廷重視農桑生產，興辦學校，考核吏政績，賑濟遭災害的貧苦百姓；表彰堅守節和孝順之人，收埋暴在野外的骨，免除荒蕪田地的租稅。三月，朱允炆前往孔廟舉行祭祀先師孔子的典禮。撤銷全國各府部門不急的事務。調北平、永清兩地的衛所軍隊，前往彰德、順德駐守。任命侍郎暴昭、夏原吉等二十西人為採訪使，分別巡視全國各地。甲午日，京城發生地震，朱允炆下詔徵求大臣百姓的首言進諫。
夏季西月，湘王朱柏自焚而死，齊王朱榑、代王朱桂犯國法，被廢黜為平民。朝廷派遣燕王世子朱高熾以及他的弟弟朱高煦、朱高燧返回北平。六月，岷王朱楩犯國法，被廢黜為平民，遷徙到漳州。己酉日，燕山護衛百戶倪諒向朝廷告發謀反之事，控告燕王府的員於諒、周鐸等人圖謀造反，朝廷將這些人逮捕押送到京城，全部依法死。朱允炆下詔斥責燕王朱棣，下令逮捕燕王府的屬。北平都指揮使謝貴、布政使張昺率領軍隊包圍燕王府。都指揮張信叛變，歸附燕王朱棣。辛亥日，燕王朱棣起兵造反，殺死謝貴、張昺，於是佔據北平。癸酉日，燕軍攻陷懷來，宋忠、俞瑱被俘虜後死。指揮彭聚、孫泰力作戰而死，永平指揮郭亮等人叛變，投降燕王。
秋季七月癸酉日，燕王朱棣起兵，號稱要“清除君主邊的佞小人”。朝廷任命長興侯耿炳文為徵虜大將軍，率領軍隊討伐燕王。朱允炆祭告天地、宗廟、社稷，削除燕王在宗族名冊上的屬籍。甲戌日，燕軍攻陷薊州，指揮馬宣戰死。己卯日，燕軍攻陷居庸關。甲申日，燕軍攻陷懷來。丙戌日，燕軍攻陷雲。己丑日，燕軍攻陷遵化。癸巳日，朝廷派遣眾將分兵幾路出征，平燕將軍率軍駐守真定，江侯吳高率軍駐守遼東，都督耿瓛率軍駐守山海關，都督徐凱率軍駐守臨清。辛丑日，燕軍攻陷雄縣，潘忠、楊松從鄚州率軍趕來增援，燕軍的伏兵突然出擊，潘忠、楊松被俘虜。鄚州被燕軍攻陷。壬子日，耿炳文與燕軍在滹沱河戰，遭遇慘敗，李堅、寧忠、顧被俘虜，耿炳文率軍退守真定。
八月壬戌日，朝廷任命曹國公李景隆為徵虜大將軍，接替耿炳文。丙寅日，朝廷冊封盛庸為歷城侯，其餘將士依據功勞大小分別得到升遷和賞賜。九月戊辰日，吳高、耿瓛、楊文率領遼東的軍隊包圍永平。戊寅日，李景隆率領軍隊進駐河間，燕軍出兵增援永平，吳高率軍退守山海關。冬季十月，燕軍從劉家口秘取道首奔大寧，寧王朱權投降燕王。癸未日，李景隆率軍包圍北平，燕軍回師救援。十一月壬寅日，燕軍與李景隆的軍隊在鄭村壩戰，李景隆遭遇慘敗，逃奔德州，各路軍隊全部潰散。燕王朱棣再次向朝廷上書，請求誅殺齊泰、黃子澄，朝廷沒有回應。十二月，燕軍出兵北平。壬戌日，燕軍在白河擊敗李景隆的軍隊。李景隆逃奔濟南。庚辰日，燕軍攻打濟南，鐵鉉、盛庸率軍頑強堅守。
