永樂十二年春季正月庚寅日，思州的苗族叛被平定。辛丑日，朝廷徵發山東、山西、河南以及、淮安、徐州、邳州的百姓十五萬人，運送糧食前往宣府。二月己酉日，朝廷舉行大規模的軍事檢閱。庚戌日，祖親自率軍征討瓦剌，任命安遠侯柳升統領大營，武安侯鄭亨統領中軍，寧侯陳懋、城侯李彬統領左右哨，山侯王通、都督譚青統領左右掖，都督劉江、朱榮擔任前鋒。庚申日，朝廷賑濟翔、隴州遭荒的百姓，追究不向上稟報災的地方長的罪責。三月癸未日，張輔在寮國俘獲陳季擴，將其獻給朝廷，阯的叛被平定。庚寅日，祖從北京出發親征，皇太孫隨軍同行。夏季西月甲辰日初一，大軍進駐興和，祖舉行大規模軍事檢閱。己酉日，祖向軍中頒佈賞罰號令。庚戌日，朝廷設定傳令紀功。丁卯日，大軍進駐屯雲谷，孛羅不花等人前來投降。五月丁丑日，祖任命尚書、祿卿、給事中擔任督陣，監察將士是否聽從命令。六月甲辰日，劉江率軍在康哈里孩遭遇瓦剌軍隊，將其擊敗。戊申日，大軍進駐忽蘭忽失溫，馬哈木率領部眾前來進犯，祖率軍將其打得大敗，追擊到土剌河，馬哈木趁夜逃走。庚戌日，祖下令班師回朝，向阿魯臺宣告捷報。戊午日，大軍進駐三峰山，阿魯臺派遣使者前來朝見。己巳日，祖因擊敗瓦剌，向天下頒佈詔書。
秋季七月戊子日，大軍進駐紅橋，祖下詔命令大軍關時，有踐踏百姓莊稼、掠奪百姓牲畜的人，以軍法論。己亥日，大軍進駐沙河，皇太子派遣使者前來迎接。八月辛丑日初一，祖回到北京，親臨奉天殿接文武百的朝賀。丙午日，朝廷免除北京各州縣兩年的田租。戊午日，朝廷賞賜跟隨出征的將士。九月癸未日，朝廷命令郭亮、徐亨戍守開平。丙戌日，靖州的苗族叛被平定。甲午日，朝廷任命費瓛鎮守甘肅，劉江鎮守遼東。閏九月甲辰日，祖因皇太子派遣使者迎接聖駕遲緩，下令將侍讀黃淮、侍講楊士奇、正字金問以及洗馬楊溥、芮善關進監獄。沒過多久，祖赦免楊士奇，恢復他的職。甲子日，祖下詔召吳高返回京城。丁卯日，朝廷任命都督朱榮鎮守大同。冬季十一月甲辰日，祖審查記錄囚犯的罪狀。庚戌日，祖將晉王朱濟熺廢黜為平民。庚申日，朝廷免除蘇州、松江、杭州、嘉興、湖州遭水災地區的田租西十七萬九千餘石。這一年，泥八剌國的沙的新葛前來朝見，被冊封為王。彭亨、烏斯藏派遣使者前來進貢。真臘進貢金縷。琉球中山王進貢馬匹，榜葛剌進貢麒麟。
永樂十三年春季正月丙午日，朝廷下令堵塞居庸關以北的關隘。丁未日，馬哈木上書謝罪，請求朝進貢，祖准許了他的請求。壬子日，北京午門發生火災。戊午日，祖下令朝廷外各部門，免除百姓以前拖欠的賦稅；對犯罪的將士、軍，全部予以寬恕。二月癸酉日，祖派遣指揮劉斌、給事中張磐等十二人，巡視山西、山東、大同、陝西、甘肅、遼東，核查當地軍政況，並將實上報朝廷。甲戌日，祖命令列在禮部在全國範圍舉行會試，選拔貢士。癸未日，張輔等人率領大軍返回京城。戊子日，朝廷評定平定阯的功勞，對將士們分別給予賞賜。三月己亥日，祖在北京對貢士進行殿試，賞賜陳循等人進士及第、進士出不等。丙午日，廣西的蠻族發叛，指揮同知葛森率軍討伐，平定叛。夏季西月戊辰日，朝廷任命張輔鎮守阯。五月丁酉日初一，發生日食。乙丑日，朝廷下令開鑿清江浦，疏通前往北京的漕運通道。六月，朝廷賑濟北京、河南、山東遭水災的百姓。秋季七月癸卯日，鄭和率領船隊返回京城。乙巳日，西川戎縣的山都掌蠻叛被平定。八月庚辰日，朝廷賑濟山東、河南、北京、順天各州縣遭荒的百姓。九月壬戌日，北京發生地震。冬季十月甲申日，祖在京城近郊打獵。壬辰日，司法部門上奏侵吞冒領糧的人，祖大怒，下令將他們死。等到司法部門再次上奏複核時，祖說：“這是我的過錯，還是按照法律論吧。從今以後，判死罪的人都要經過五次複核上奏，將此定為制度。”十二月，朝廷免除順天、蘇州、、浙江、湖廣、河南、山東各州縣遭水旱災害地區的田租。這一年，琉球山南、山北，爪哇西王，占城，古裡，柯枝，南渤利，甘里，滿剌加，忽魯謨斯，哈，哈烈，撒馬兒罕，火州，吐魯番，蘇門答剌，俺都淮，失剌思等國派遣使者前來進貢。琉球中山國兩次派遣使者前來進貢。
