皇帝重用李賢，他的建議都被採納。于謙曾分派投降的人南征，陳汝言迎合宦的意思，把他們全部召回。李賢極力反對，皇帝說：“我也後悔了。現在他們己經上路，以後願意離開的就隨他們去。”皇帝擔心軍俸祿太多，國庫收不夠開支。李賢請求裁汰老弱軍，這樣費用節省了而人們不會察覺。皇帝十分贊同。當時每年都有邊境警報，天下發大水，長江南北尤其嚴重。李賢對外籌劃邊防策略，對請求寬恤百姓，廢除國家所有徵斂。皇帝採納他的建議，各地得以安定，民力得到恢復。天順七年二月，空中發出怪聲，皇帝想祈福消災，命李賢撰寫祭文。李賢說君主不恤百姓，天下人怨恨反叛，才會出現這種妖異現象。於是請求推行寬恤百姓的政策，又請求停止江南織造、清理錦衛監獄、止邊境大臣進貢、停止朝廷外採購。皇帝到為難，李賢堅持爭辯多次，同僚都很害怕。李賢退朝後說：“大臣應當知無不言，怎麼能閉口不言、苟且安呢？”整個天順年間，李賢擔任首輔，呂原、彭時輔佐他，但李賢最信任，權力最集中。
當初，史劉濬彈劾柳溥戰敗之罪，怒皇帝。李賢說史是皇帝的耳目之，不應斥責。石亨誣陷李賢偏袒，皇帝逐漸疏遠李賢，不久醒悟，又像以前一樣對待他。李賢每次單獨和皇帝議事，很久才出來。遇到事皇帝必定召他詢問意見，有時派宦去諮詢。李賢顧全大局，尤其重視珍惜人才、廣開言路。他推薦的年富、軒輗、耿九疇、王竑、李秉、程信、姚夔、崔恭、李紹等人，都是名臣。他經常勸皇帝接見大臣，有所推薦，必定先和吏部、兵部商議確定。等到宮應對，皇帝詢問文臣，就請諮詢王翱；詢問武臣，就請諮詢馬昂。兩人相互支援，所以李賢的建議沒有不實行的，而人們不覺得他專權，只有那些小人與他作對。
曹欽謀反時，在東朝房毆打李賢，抓住他要殺他，迫他起草奏章為自己開。幸虧王翱相救，李賢才免於一死。他秘上奏請求抓捕賊黨。當時局勢混，皇帝不知道李賢在哪裡，收到奏章後大喜。李賢帶著傷宮朝見，皇帝勞他，特地加封太子太保。李賢趁機說，叛賊己經被誅殺，應當立即下詔天下停止不急的事務，徵求首言，以暢通言路。皇帝聽從了他。
門達正重用，錦衛校橫行霸道，為大禍害。李賢多次請求止，皇帝召門達告誡。門達依仗寵更加驕橫，李賢趁機詳細陳述門達的罪行，皇帝又召門達告誡。門達對李賢恨之骨，借袁彬的案子陷害李賢，李賢幾乎喪命，詳記載在《門達傳》中。
皇帝生病，躺在文華殿。恰逢有人在皇帝面前說太子的壞話，皇帝有些搖，秘告訴李賢。李賢伏地叩頭說：“這是大事，希陛下三思。”皇帝說：“那麼一定要傳位給太子嗎？”李賢又叩頭說：“國家社稷萬幸。”皇帝起，立即召太子前來。李賢扶著太子讓他謝恩，太子謝恩後，抱著皇帝的腳哭泣，皇帝也流淚，讒言於是沒能得逞。
憲宗即位後，李賢升任保、華蓋殿大學士，負責經筵事務。這年春天，太昏暗無，李賢和同僚上奏說：“太，是君主的象徵。君主德行明，那麼就會明亮。希陛下恭敬修、端正統臣下、果斷理事務、明察細微之事，堅持不懈，那麼天變自然消除，和氣自然到來。”第二天又說：“天時不調和，是因為氣太盛。從宣德到天順年間，選的宮太多，浣局中被沒收宮的婦怨恨尤深，應當放們回家。”皇帝聽從了他，朝廷外都很高興。五月天降大冰雹，大風掀掉屋瓦，拔起郊壇的樹木。李賢說：“天威可畏，陛下應當警惕反省，不親近邊寵的小人。尊崇信任老大臣，共同商議國家大事。”有關部門請求製造皇帝出行的儀仗，李賢說：“庫還有沒使用過的，如今恩詔剛剛頒佈，正節約開支，為什麼還要做這件事。”皇帝當天就停止了這項工程。每次遇到災異，李賢必定和同僚極力首言，毫不瞞，而對於皇帝即位初期的政務，告誡尤其懇切。
門達被流放後，他的黨羽很多投遞匿名信陷害李賢。李賢請求辭，皇帝下詔安挽留。吳皇后被廢，言請求誅殺牛玉，言語牽連到李賢，又有製造謠言陷害他的。皇帝命令衛士住在李賢家，保護他出。化二年三月，李賢父親去世，皇帝下詔讓他不必守孝，立即復職。李賢三次推辭都不被允許，皇帝派宦護送他回家安葬。回到京城後，他又推辭，皇帝派使者傳達旨意，李賢於是理政務。這年冬天去世，年五十九歲。皇帝震驚哀悼，追贈太師，諡號文達。
李賢自認為到皇帝的知遇之恩，知無不言。惠帝的小兒子被幽六十年，英宗憐憫想赦免他，詢問李賢。李賢叩頭說：“這是堯、舜一樣的用心！天地祖宗都會保佑。”皇帝曾到山川壇祭祀，因為夜間出行不方便，想派員代祭。李賢引用祖訓爭辯，皇帝最終親自完祭祀禮儀才返回。李賢曾說庫多餘的錢財，不用來救濟荒、資助軍隊，那麼君主一定會產生奢侈之心，把錢財用在土木工程、祭祀、聲犬馬上面。他前後多次請求發放國庫錢財賑災、救濟邊境，數不勝數。按照舊例，地方大員由三品京推薦。李賢擔心這樣會導致員鑽營，命令吏部每個職位空缺推薦兩人，由皇帝挑選。“並推”的制度從此開始。
