葉瑾那日關於雷電的“驚雷一問”以及葉明深淺出的解釋，如同一塊投深潭的石頭，在宋應文和林文博心中激起了久久不散的漣漪。
兩人編纂《自然格致》啟蒙的熱愈發高漲，思路也愈發清晰，力求在“啟發思考”與“避免僭越”之間找到妙的平衡。
然而，樹靜而風不止。就在《自然格致》初雛形，蒙學堂第二批學子逐漸適應了新式教學之際，一場針對格院，尤其是針對其“離經叛道”學說的風浪，終於醞釀型，並以一種看似無可辯駁的方式，洶湧而來。
這一日並非大朝會，但皇帝卻在偏殿召見了包括葉明在的幾位相關員，以及欽天監監正、幾位以學問淵博著稱的翰林學士。氣氛顯得有些凝重。
召見的起因，是一份由十七名在野士林頗有名的老儒聯名上奏的《闢異端正學風疏》。
這份奏疏並未直接彈劾葉明，而是以憂國憂民的口吻，痛陳當下學風浮躁，有“妄人”借“格”之名，行“悖逆”之實，列舉數條“罪狀”：
其一，妄改數符，摒棄祖宗法，致使算學基搖。
其二，鼓吹匠作之，混淆士農工商之序，使學子捨本逐末。
”。”理之然自乃緩聲速，致所撞相氣雲乃電雷“揚宣然公人有院格，出指別特中疏奏。”道天，機天測妄“即，條一的重嚴為最是也，三其
！惡首之”心民，本國搖“乃實？地何於置訓聖之”恩天非莫，雨霆雷“將更，義奧之卦八》經易《、行五》範洪《視無全完，論言等此“
。竊業商和語蜚言流的前之超遠力傷殺，度高治政的”本國“、”道天“了到升提接直題問學將，然斐采文，典據經引疏奏份這
。大放和曲歪以加並，聲風的論討部院格了到聽探，道渠種某過人心有是然顯，說之”電雷“那而
”。威天彰或，懲警示或，象垂天上，盪激乃電雷。關攸事人，警示象天，下陛“：威權的疑置容不著帶卻沉低音聲他，言發先率，者老的穆肅神、白皆髮鬚位一，正監監天欽
”。關有生滋言妄等此與或，兆吉非恐，紊象星日近觀臣？地何於道天置則，理淺等氣雲於歸其將，言所井市如若“
。觀應人天的流主時當是這，鉤掛接直福禍事人、象星與象現然自將他
？測揣加妄般院格如可豈，畏敬持保是而，神鬼敬不非並”神力怪語不子君“調強，述論的地天畏敬於關中典經等》秋春《、》記禮《述引，和附紛紛也士學林翰位幾
。意敵的飾掩不毫有更，視審有，憂擔有，他了向投都目的人有所。上明葉了到中集間瞬力
