基礎階的學習為期半年，學習者需過“識藥考試”與“辨症考試”才能進下一階段。識藥考試中，老醫者會從藥庫中取出數十種草藥，讓學習者說出草藥的名稱、功效與用法；辨症考試中，老醫者會請幾位百姓扮演患者，讓學習者為其“看病”，說出病症與初步的治療思路，過考試者，方可進進階階。
（二）進階階：習方製藥，掌握行醫核心
進階階主要面向過基礎階考試的學習者，由擅長不同領域的醫者分科授課，授課地點設在傳醫堂與藥房。進階階分為科、外科、兒科、婦科四個科目，學習者可據自己的興趣選擇一科或多科學習。
科授課時，醫者會詳細講解各類科雜症的治療藥方：“治胃痛之症，若患者喜溫喜按，是虛寒胃痛，可用理中湯，由人參、乾薑、白朮、甘草組；若患者胃痛拒按，伴有口苦，是溼熱胃痛，可用清中湯，由黃連、梔子、半夏、茯苓組。”講解完藥方後，醫者會帶著學習者前往藥房，教他們按方抓藥：“抓藥時需注意劑量，人參三錢就是三指寬的藥量，甘草一錢就是一指寬的藥量，劑量不準，藥效就會大打折扣。”
外科授課時，醫者會教學習者理外傷的方法：“若患者傷口較淺，先用清水沖洗傷口，再用艾草煮水消毒，然後塗上止生的藥膏，用布條包紮；若患者傷口較深，有異嵌，需先用鑷子將異取出，再用針線（用開水煮過消毒）合傷口，合時要注意針腳均勻，避免留疤。”醫者一邊說，一邊用豬皮模擬傷口，演示合與包紮的步驟，讓學習者流作，直到練為止。
兒科與婦科的授課也各有側重：兒科醫者會教學習者據孩的年齡調整藥方劑量，如“人用三錢藥，五歲孩只用一錢”，還會教學習者製作適合孩服用的藥粥、藥湯；婦科醫者會教學習者辨別月經不調、產後腹痛等病症，還會教學習者用艾灸調理婦科病症的方法。
進階階的學習為期一年，學習者需完“藥方配製考試”與“實考試”。藥方配製考試中，醫者會給出一種病症，讓學習者寫出對應的藥方與劑量；實考試中，醫者會設定模擬場景，如“孩積食”“婦人產後腹痛”“患者外傷合”等，讓學習者現場理，過考試者，方可進高階階。
（三）高階階：臨床實踐，培養獨立行醫能力
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